Im Dezember 1987 wurde die BayernBahn GmbH als Tochtergesellschaft des Bayerischen Eisenbahnmuseums e.V. gegründet. War das Unternehmen zunächst nur für die Betriebsführung des historischen Zugverkehrs im Nördlinger Ries gedacht, entwickelte es sich schnell zu einem der ersten "jungen" privaten Eisenbahnverkehrsunternehmen in Bayern.

Mit der Übernahme der Strecken Nördlingen – Dinkelsbühl – Dombühl und Nördlingen – Gunzenhausen war der Grundstein für ein stetiges Wachstum und die kontinuierliche Erschließung neuer Geschäftsfelder gelegt. Bis heute ist ein wichtiges Standbein der Bereich Bauzugverkehre im süddeutschen Raum. Darüber hinaus ist die BayernBahn Spezialist für die Übernahme von regionalen Güterverkehren insbesondere im Großraum München – Nürnberg – Stuttgart. Das Spektrum der BayernBahn reicht dabei von der Personal- und Rangierdienstleistung, Stellung geeigneter Traktionsmittel bis hin zur Übernahme der kompletten Bedienungsleistung auf süddeutschen Bahnstrecken.

In Zusammenarbeit mit Partnern tritt die BayernBahn auch als Anbieter komplexer Logistikdienstleistungen im nationalen und internationalen Schienengüterverkehr auf.